Ambele echipe ale Craiovei sunt calificate în grupele Cupei României, un format în premieră în fotbalul românesc. Grupele sunt formate din șase echipe, dar le nu vor juca fiecare cu fiecare, adică cinci partide, ci numai trei. Acest lucru nu pare să avantajeze echipele favorite.
Cele 24 de echipe calificate în faza grupelor au fost împărțite în 4 grupe a câte 6 formații, cu cap de capi de serie: Urna 1 – primele 8 echipe din Liga 1, Urna 2 -următoarele 8 echipe în funcție de clasament și Urna 3 – ultimele 8 echipe în funcție tot de clasament. Toate echipele vor juca un meci cu o echipă din Urna 1, o echipă din Urna 2 și o echipă din Urna 3, la nivelul fiecărei grupe. Primele două clasate se vor califica în faza sferturilor de finală. Primele două clasate se vor califica în faza sferturilor de finală. FCU Craiova face parte din grupa A, alături de Sepsi, FC Voluntari, Petrolul Ploiești, Dinamo, Unirea Slobozia. Universitatea Craiova a căzut în gruba D din care mai fac parte FC Argeș, Chindia, Hermannstadt, Ocna Mureș, Minaur Baia Mare. Antrenorul Universității Craiova, Mirel Rădoi a comentat despre noul format al Cupei României.
Prima etapă se joacă între 18-20 octombrie, a doua între 8-10 noiembrie și a treia între 6-8 decembrie. Fiecare echipă va disputa 3 meciuri. FCU cu Dinamo și Petrolul în deplasare și cu FC Voluntari acasă. Universitatea va juca toate trei meciurile în deplasare cu Hermanstadt, Ocna Mureș și FC Argeș.